Kementerian ini pada mulanya dikenali sebagai Kementerian Pertanian dan Perikanan ditubuhkan pada Tahun 1963. Pada masa itu, Kementerian ini dipertanggungjawabkan dengan hal ehwal pertanian, perikanan, perkhidmatan haiwan, kuarantin dan penyelidikan. Kementerian ini juga mengawasi perkara yang berkaitan dengan pembangunan dan kepentingan koperasi.

Semasa penubuhannya pada tahun 1963, hanya dua agensi pelaksana diletakkan di bawah kementerian iaitu Jabatan Pertanian (yang juga meliputi Cawangan Perkhidmatan Haiwan dan Cawangan Perikanan) dan Lembaga Tabung Getah Sabah.

Pada 2 Februari 1968, Lembaga Padi Sabah (LPS) telah ditubuhkan sebagai salah satu agensi pelaksana dibawah Kementerian ini. Walau bagaimanapun LPS dibubarkan pada tahun 1982.

Pada bulan Mei 1968, Cawangan Perikanan telah dipisahkan daripada Jabatan Pertanian untuk dijadikan entiti tersendiri menjadi Jabatan Perikanan. Jabatan Perikanan memainkan peranan menjaga kepentingan sektor perikanan, akuakultur dan pembangunan industri perikanan.

Selanjutnya